Star Trek Online jak jak wszystkie gry typu MMO udostępnia (a czasem wymaga) graczom grę w drużynie. Najłatwiejszym sposobem jest zapisanie się do odpowiedniej publicznej kolejki PvE która wrzuci nas w rozgrywkę z całkowicie losowymi ludźmi. W przypadku chęci gry ze znajomymi lub po prostu konkretnymi graczami Cryptic udostępnił mechanizm Prywatnych kolejek PvE. System ten w przeciwieństwie do tworzenia zwykłej drużyny, i jej późniejszego zapisania do kolejki, umożliwia stworzenie wspólnej rozgrywki dla graczy obu frakcji FED i KDF. Jedynym mankamentem tego sposobu jest konieczność zebrania pełnej 5 osobowej obsady do większości misji.
W celu założenia prywatnej kolejki należy otworzyć, tak jak w przypadku wersji publicznych, okno kolejek PvE.
Następnie kierujemy nasze kroki do 3 zakładki "Create private" gdzie wybieramy z listy odpowiednią misję i akceptujemy przyciskiem "Create" w dolnym prawym rogu. Możliwe tu jest też sortowanie misji po typie rozgrywki (Space/ground) widoczne na górze po lewej.
Gdy już zdecydowaliśmy jaką mapę chcemy rozegrać wraz ze znajomymi należy naszą prywatną instancję nazwać. Oraz opcjonalnie zabezpieczyć hasłem aby żaden nieproszony gracz do nas nie dołączył (o tym dalej).
No skoro już mamy stworzony dla siebie pokój czas zaprosić do rozgrywki innych.
Dołączać można w trojaki sposób:
Pierwsza metoda, chyba najszybsza i najłatwiejsza, to zapraszanie poprzez "Invite to challenge match" dostępny w menu po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na gracza lub jego nick w oknie chatu.
Druga metoda wykorzystuje przycisk "Invite" na dole okna pokoju. Możemy tu albo zaznaczyć odpowiednią osobę na liście (wyświetlani są tu gracze którzy przebywają na tej samej mapie, należą do naszej "Friend list" lub Floty) bądź wpisać jej nick@handle.
Trzecią formą dołączenia jest bezpośrednie zapisanie się gracza do wybranego pokoju. Tą metodą mogą dołączyć do naszej rozgrywki dowolne osoby dlatego warto ustanawiać hasło. Odbywa się to poprzez drugą zakładkę okna kolejek PvE "Join existing" gdzie gracz wyszukuje pokoju po nadanej mu przez osobę tworzącą nazwie. Jeśli pokój zabezpieczony jest hasłem gracz zostanie poproszony o jego podanie. Możliwe jest w ten sposób dołączenie do już trwającej rozgrywki (np. w przypadku utraty połączenia z serwerem).
Zapraszać do rozgrywki może każdy gracz będący już w pokoju, nie tylko osoba która go zakładała.
Wszyscy na pokładzie? Zwarci i gotowi? No to jedyne co pozostało to odpalenie mapy przez gospodarza wciskając start.